En 2016 el gobierno del partido Panameñista provocó muchos retrocesos con respecto a los derechos indígenas. Por ejemplo, el Ministro del Interior, Milton Henríquez expresó, frente a los caciques de todos los congresos y consejos indígenas del país, que el Estado solo reconocería a las autoridades tradicionales de las cinco comarcas existentes, dejando así fuera de futuras consultas y negociaciones a todas las autoridades de 30 territorios indígenas. En consecuencia, el ministro fue declarado persona non grata por todas las autoridades indígenas. Por este hecho, algunos decidieron no participar como beneficiarios del Plan de Desarrollo Integral de los Pueblos Indígenas.
Otro reto se relaciona con la Ley 37, del 2 de agosto de 2016, que establece el mecanismo de consulta y consentimiento previo libre e informado a los pueblos indígenas que, en caso de aplicarse adecuadamente, puede evitar muchos conflictos futuros. No obstante, a pesar de haber sido presentado inicialmente su proyecto de ley por un diputado indígena y de haberse tratado en la Comisión Legislativa de Asuntos indígenas, esta ley tampoco fue consultada con todos y cada uno de los pueblos indígenas como debe ser, lo que resulta paradójico teniendo en cuenta que el objeto de esta norma es justamente el derecho a la consulta previa libre e informada.
Por otro lado, el proyecto hidroeléctrico de Barro Blanco en el territorio Ngäbe-Buglé sigue desarrollándose sin consentimiento, con fondos del Banco de Desarrollo Alemán, filial de la financiera alemana KfW y el Banco de Desarrollo Holandés, FMO. Se desalojó́ forzosamente a comunitarios de la zona del proyecto para comenzar un llenado de prueba de su embalse, lo que provocó la inundación de sitios sagrados, parcelas agrícolas y viviendas. Estas evidentes aparentes violaciones han despertado la atención de la sociedad internacional.
